】私が考えたいくつかの対処方法を、はてなダイアリー日記（id:hatenadiary）を例にとって説明してみます。参考になれば。
ほかにアイデアがありましたら、ぜひトラックバックなどで教えてください。
アンテナ設定の工夫（チェックするURLを変える）
「はてなダイアリー日記のヘッドライン」（http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/rss）をアンテナに入れてチェックする方法があります。記事は冒頭の約130字ほどだけが取得されますが、要約としては十分でしょう。
アンテナに登録するとき、［表示URL］欄は「はてなダイアリー日記」本体（http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/）にしておくのがポイントです（この設定は全ユーザー共通で、「はてなダイアリー日記のヘッドライン」については今すでにこうなってます）。これで、チェックするページは記事一覧、アンテナからジャンプして実際に見るページは日記本体、という使い方ができます。
新しいツールに乗り換える（はてなRSSを使う）
この機会に、はてなRSSを使ってみるのもいいかもしれません。はてなダイアリーのRSSは、コメントの投稿を出力しません。
はてなツールバーやhatenabarを使っているならば、はてなダイアリー日記（http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/）を表示した状態で［R!］ボタンをクリックすればOKです。
はてなツールバーなどを使っていない場合は、はてなRSSのトップページ（http://r.hatena.ne.jp/）から［RSSリーダーを使う］へ移動し、「http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/rss」をフィードとして追加すればよいでしょう。
アンテナで、コメントもある程度取得する（更新文字列を工夫する）
特定のユーザーのコメントを無視したいならば、［更新チェック範囲:］の［が含まれる行より上だけをチェック］に「regexp:^# ユーザーID 『」を入れてみるのもいいかもしれません。「regexp:」はその続きが正規表現であることを示し、「^#」は「#で始まる行」を示しています（この設定も全ユーザー共通で、「はてなダイアリー日記」については今すでにそうなっています）。
アンテナとしての精度は下がるかもしれませんが、コメントの投稿をある程度取得しつつ、アンテナが上がりすぎないようにできるかもしれません。
（なお、先ほどまで「『[コメント』が含まれる行より上だけをチェック」の設定になっていましたが、これはうまく機能していないようでした）
